Ethidiumbromid

Ethidiumbromid (EtBr) ist der am häufigsten verwendete Nukleinsäurefarbstoff für PAGE oder Agarose-Gel-Elektrophorese. Es ist in verschiedenen Formen, wie einer 10mg/ml Lösung, als 10 oder 100 mg Tabletten oder als Pulver erhältlich. Die Tabletten und die Lösung helfen, die Exposition einer potentiell toxischen Chemikalie zu verringern. Ethidiumbromid interkaliert doppelsträngige DNA und RNA. Die Fluorszenz des Ethidiumbromid steigert sich um das 21-fache bei der Bindung an doppelsträngige RNA und um das 25-fache bei der Bindung an doppelsträngige DNA, so dass eine Entfärbung des Hintergrunds bei einer geringen Farbstoffkonzentration (10 μg/ml) nicht notwendig ist. Ethidiumbromid wurde für eine Reihe von fluorimetrischen Analysen von Nukleinsäuren verwendet. Es hat sich gezeigt, dass es auch an einsträngige DNA (wenn auch nicht so stark) und an dreisträngige DNA bindet.

Ethidiumbromid ist eine Nukleinsäure-interkalierendes Agens und frameshift-mutagen. Es kann auch in Verbindung mit Acridin-Orange zur Unterscheidung zwischen wachstumsfähigen, apoptotischen und nekrotischen Zellen verwendet werden.

Um ein Gel nach der Elektrophorese anzufärben, verdünnt man eine Probe der Stammlösung auf 0,5 μg/ml Wasser und erwärmt 15-30 min lang. Eine Entfärbung ist normalerweise nicht notwendig, kann jedoch in Wasser 15min lang durchgeführt werden, falls der Hintergrund zu stark gefärbt ist. Die DNA-Banden können in einer UV-Licht-Box (254 nm Wellenlänge) detektiert werden. Ethidiumbromid kann auch zu Gel und Laufpuffer zugegeben (0,5 μg/ml) und direkt nach der Elektrophorese sichtbar gemacht werden.